Hola, María Isabel Hernandez.

En estos casos, el criterio de Hacienda es el siguiente: "Las anualidades (cuota de amortización e intereses) y demás cuantías que se satisfagan por el nuevo préstamo -en su constitución, vida y cancelación-, en la parte proporcional que del capital obtenido en este haya sido destinado a la amortización o cancelación del préstamo originario -habiéndose este primero destinado exclusivamente a la adquisición de la vivienda habitual-, incluida en su caso la cancelación registral hipotecaria, darán derecho a deducción por inversión en vivienda habitual, formando parte de la base de deducción en el periodo impositivo en que se satisfagan, siempre que se cumplan los demás requisitos legales y reglamentarios exigidos". 

Como ves, no hay referencias a la amortización total de la antigua hipoteca, así que entendemos que no podría sumarse a la base sobre la que aplicar la deducción (aunque sí podrías sumar los gastos de su cancelación registral). De todos modos, no somos expertos en temas tributarios y no te lo podemos asegurar. Nuestro consejo es que se lo preguntes directamente a Hacienda o a un gestor para salir de dudas. 

Un saludo.